Haruka 进入了日高大学，他现在正在游泳俱乐部训练，为新人锦标赛做准备。有一天，他遇到了中学时的游泳队友朝日。遥后来和同样搬到东京的真琴一起在一家咖啡店追上朝日——话题很快转向了他们在中学时一起游泳的另一位队友育也。在新人锦标赛当天，遥和朝日多年来第一次同台竞技——日和观看了这一奇观，他称遥是“劣质的育也”。比赛结束后，遥和朝日一起穿过大厅时，瞥见了路过的郁也。

传说中的部队——创形者队拯救了EL潜行者的第2次志愿者联盟战已经过去两年。 　　曾经的战场——高达模型联网对战（GBN）在经过版本升级后，加入了感觉反馈功能，代入感也得到进一步提升。不过也有很多潜行者并非出于跟风，而是怀揣各自想法进入这一世界。 　　悠人是个扮演着佣兵，独自徘徊于次元世界空间的潜行者。 　　风见孤傲轻佻，梦想受众人崇拜，穿梭在不同团队。 　　芽依从早到晚进行高达模型对战，是个浑身散发神秘气息的独行侠。 　　孤独的新人帕维兹对合作玩法深感兴趣，却因为内向至今未能得偿所愿。

美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。 　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。

在第二季中，主人公七濑遥（岛崎信长 配音）以及好朋友橘真琴（铃木达央 配音）成为岩鸢高中三年级生，他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部，另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚（代永翼 配音）和怜（平川大辅 配音），积极准备着全国大赛的训练。 　　与第一季相比，本季最大的看点，就是新角色山崎宗介（细谷佳正 配音）的登场。他是凛（宫野真守 配音）小学时代的好友，游泳实力强劲，转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部，两支接力队伍，在未来的全国赛上，会碰撞出什么样的青春水花？

星马烈和星马豪是一对亲兄弟，被大家称为“四驱兄弟”。他们把土屋博士送的全覆式迷你赛车“战神号”进行创造性的改造，参加全国各式各样的比赛。兄弟俩不畏艰险，奋勇拼搏，团结协作，潜心研究，战胜了一个又一个艰难险阻，取得了一次又一次来之不易的胜利。

毫无征兆的一天，杂音（Noise）突然袭来，与以往专注攻击人类相比，此次杂音似乎更有潜在的目的。曾在射月事件立下赫赫战功的雪音克莉丝（高垣彩阳 配音）与立花响（悠木碧 配音）通力配合，击败了杂音这一波的攻势，同时意识到太古遗产所罗门之杖才是这群杂音真正的目标。另一方面，世界歌姬玛丽亚（日笠阳子 配音）受邀来日，与风鸣翼（水树奈奈 配音）联手举行直播全世界的盛大演唱会。谁知演唱会开始不久，大批杂音入侵，玛丽亚代表反政府武装组织“菲尼”向全世界宣战，并且亮出了黑色的永恒之枪。

于未来的某个时间和地方,人气歌唱组合双翼(Zwei Wing)举行了风靡万千歌迷的演唱会,岂料演唱第一首歌曲以后,会场就突然被大量谜之敌人Noise攻击.双翼的成员风鸣翼和天羽奏等不及总部发出命令,果断地展现出她们最根本的SYMPHOCAL战斗形态……其中一名歌迷立花响见证整件事的发生,亦因此牵连在内,成就了两年后完全不同的她……

被后世称作“魔法少女事变”的，炼金术士卡萝的世界解剖计划被阻止的数周之后。 立花响以最大最强的敌人为对手展开格斗，被其压倒在地任凭摆布。 面对的威胁——其名为“暑假作业”。 作为学生的本分，避无可避的命运残酷到束手无策，无情到无可抗拒。 为什么会变成这样呢？ 心灵仿佛要被碾碎一般，回首过去的响。 去了海边。也去了山上。 因为与新的朋友们做了约定，以此为理由，充分享受了各处的夏日祭，晚上也像个傻瓜一样大张着嘴仰望烟花。

想要凭借神之力，打倒神明本身的原始人偶亚当·魏萨普，被圣日耳曼等人理想的动力源——贤者之石黄金炼成过的Symphogear所“击枪”。 曾经暗中活跃的巴伐利亚光明会就此瓦解，残党也在各国机关的活跃下被逼到走投无路。 然后—— 走投无路的不只有巴伐利亚光明会。 过去的超级大国美国，也因向日本发射反应兵器一事受到谴责，被国际社会所孤立。

在原导演辰树被角川解雇后，这部全新改编的《兽之朋友》聘请了不同的演员和工作人员。